Дигоксигенин предоставляет хорошую альтернативу биотин-авидиновым системам, в основном вследствие очень низкого уровня его неспецифичного связывания. Определение гибридизации дигоксигенин-меченых зондов достигается с помощью соответствующих анти-диоксигениновых конъюгатов антител, либо щелочной фосфатазой, пероксидазой, флуоресцеином, родамином или коллоидным золотом, либо с помощью аналогичным образом помеченного вторичного антитела.
Дигоксигенин/Динитрофенол - меченые нуклеотиды для ферментативного мечения нуклеиновых кислот дополнительно представлены в разделах Мечение ДНК и Мечение РНК.