1. Каталог >
  2. Реактивы >
  3. Виды реактивов >
  4. Нуклеозиды, Нуклеотиды и их аналоги >
  5. Нуклеотиды >
  6. Нуклеотиды по применению >
  7. Клеточная биология >

Белок - ДНК/РНК взаимодействия (EMSA)

Nucleotides by Application  /  ... in Cell Biology - Protein-DNA/-RNA interaction (EMSA)

Различные клеточные процессы регулируются сиквенс-специфичным связыванием белков и нуклеиновых кислот (ДНК или РНК), например, регуляция экспрессии генов через связывание фактора транскрипции со специфической последовательностью ДНК или координация трансляции через РНК-связывающие белки.

Анализ смещения электромобильности (EMSA - Electromobility shift аssay ) - известная методика для детекции сродства белка к известной ДНК или РНК последователоьности in vitro[1]. Вкратце, меченый РНК или ДНК зонд инкубируют вместе с источником белка ( неочищенный клеточный экстракт или рекомбенантный белок) и затем разделяют в неденатурирующем полиакриламидном гель-электрофорезе. Концевое мечение ДНК или РНК зондов, как правило, предпочтительнее случайного мечения поскольку минимизирует интерференцию со связыванием белка. Белково-нуклеиновые комплексы проявляют более низкую мобильность по сравнению со свободными зондами, таким образом, образование комплекса можно определить по изменению схемы миграции (смещения).

Визуализация белково-нуклеиновых комплексов зависит от типа используемой метки. Традиционное мечение основанно на ферментативном встраивании радиоизотопных меток, однако, некоторые нерадиоактивно меченые нуклеотиды также успешно используются для мечения ESMA зондов (Таблица. 1). Также ферментативно встраиваемые леченые нуклеотиды доступны в секциях Мечение ДНК и Мечение РНК.


Таблица 1: Выбор нуклеотидов для нерадиоактивного мечения EMSA зондов.

DIG: дигоксигенин; ATTO680: флуоресцентный краситель (exc.: 680 nm /em.: 700 nm); DY776: флуоресцентный краситель (exc.: 771 nm /em.: 801 nm).
Синтезируем...МетодСайт меченияФерментLabeled nucleotideIncorporated nucleotidesДетекция
...ДНК зонд3'-концевое мечение3'-OHTerminal Deoxynucleotidyl Transferase (TdT)Биотин-11-UTP[2]1-3Непрямая, через репортерный фермент или стрептавидин-связанный флуорофор
DIG-11-ddUTP[3]1Непрямая, через репортерный фермент или антитела к дигоксигенину с флуорофором
5'-концевое мечение5'-OHT4 Полинуклеотид Киназа (T4 PNK)ATPγS[4]1Непрямое через Йодацетамид-модифицированный биотин или флуорофоры
...РНК зондIn vitro транскрипцияслучайныйT7 РНК полимеразаUTP-ATTO680[5,6]multipleПрямое измерение флуоресценции
UTP-DY776[6]multipleПрямое измерение флуоресценции
5'-концевое мечение5'-OHT4 Полинуклеотид Киназа (T4 PNK)ATPγS[4]1Непрямое через Йодацетамид-модифицированный биотин или флуорофоры


Datasheet
НазваниеКодЦена Количество
NU-821-680 по запросу 10 µl
(1 mM)



Datasheet
НазваниеКодЦена Количество
NU-821-776 по запросу 40 µl
(1 mM)



Datasheet
НазваниеКодЦена Количество
ATPγS, 25 mg pack NU-406-25 по запросу 25 mg
ATPγS, 5 mg pack NU-406-5 по запросу 5 mg
ATPγS, 50 mg pack NU-406-50 по запросу 50 mg



Datasheet
НазваниеКодЦена Количество
pack NU-821-BIOX по запросу 60 µl
(5 mM)



Datasheet
НазваниеКодЦена Количество
pack NU-1619-DIGX по запросу 25 µl
(1 mM)




Информация представлена исключительно в ознакомительных целях и ни при каких условиях не является публичной офертой